Księga trzecia obejmuje sprawy związane z rozpoznawaniem i leczeniem konkretnych chorób, takich jak zapalenie opłucnej, zapalenie płuc, choroby przewodu pokarmowego, także choroby oczu, uszu, nosa i krtani; wreszcie położnictwo. Księga czwarta poświęcona jest problemom chirurgicznym oraz chorobom zakaźnym. Księga piąta zawiera opisy trucizn i odtrutek oraz bardziej złożonych lekarstw.
"Kanon" uczył nie tylko podejścia do pacjentów, ale także ochrony ich zdrowia i przywracania go. Jest dowodem wnikliwego, realistycznego podejścia jego autora do problemów medycyny, a także jego głębokiej intuicji. Podpowiadała mu ona nawet to, co przy braku metod laboratoryjnych, na długo przed wynalezieniem mikroskopu i zastosowaniem go, było nie do stwierdzenia. Awicenna zdecydowanie opowiadał się za istnieniem niewidocznych dla oczu nośników chorobowych, udzielających się człowiekowi nie tylko za pośrednictwem wody, ale i przez powietrze.